Esta ermida começou por ser propriedade particular, mas século e meio depois já aparece como pertença de uma irmandade, o que significa que passou a domínio público, como o provam alguns legados pios a partir de 1672.

Parece ter sido muito visitada e centro de animadas romarias por ocasião da festa anual em honra de Santo Amaro, o tradicional protetor dos ossos, a quem era rogada a cura do mal sofrido. A gratidão pelas graças recebidas era habitualmente expressa através de ofertas de massa sovada ou de alfenim, que eram moldadas na forma do órgão ou membro atingido, sendo vulgares, até hoje, as ofertas de bonecos, cabeças, pernas e braços. O destino destas ofertas é serem arrematadas, com o produto da arrematação a reverter para a realização das festividades e manutenção do culto.

Sabemos que por ocasião das Guerras Liberais (1828-1834), concretamente em 1832, a ermida ficou interdita à prática do culto por ter sido utilizada como armazém de pólvora e local de poiso dos militares que guardavam o paiol, como é referido pelo historiador Urbano de Mendonça Dias na sua História das Igrejas, Conventos e Ermidas Micaelenses, que cita um requerimento do vigário de São Pedro, António José d’Andrade Couto, em que era pedido ao Governador do Bispado o levantamento da interdição.

O pedido foi atendido e o Governador do Bispado mandou benzer a ermida e levantar a interdição, ato que foi lavrado em auto de 14 de janeiro de 1833, transcrito no Livro de Visitas Pastorais daquela paróquia.